Секвенаторы ДНК 3-го поколения, нанопоровые

PolySeq Hive — это следующий в линейке нанопоровых секвенаторов от компании Polyseq Biotech. В отличии от Polyseq One, оснащен шестью независимыми проточными ячейками. Система сохранила все преимущества предшественника, Polyseq One: простую пробоподготовку, без необходимости докупать реактивы у других производителей и быстрое считывание последовательностей любой длины. Шесть ячеек позволяют проводить шесть параллельных независимых экспериментов, что удобно для лабораторий с большим объёмом исследований. Общий объём информации о последовательности ДНК, полученный с помощью PolySeq Hive, может быть до 360 Гб.

Основные применения нанопорого секвенатора PolySeq Hive

• Полногеномное секвенирование (WGS). Например, прочтение от теломеры к теломере (T2T), включая сложные регионы (повторы, центромеры);
• структурные вариации. Детекция крупных делеций, инверсий, дупликаций;
• прямое секвенирование РНК;
• выявление редких транскриптов и клеточных субпопуляций;
• сборка полных геномов бактерий из сложных образцов;
• разделение метагеномных данных на отдельные геномы;
• детекция эпигенетических изменений;
• экологический мониторинг;
• сборка сложных полиплоидных геномов.

Характеристики нанопорого секвенатора PolySeq Hive

• Количество секвенирующих каналов — 6;
• точность одного прочтения, % — 99;
• длина прочтений, Kb — ≥300;
• консенсусная точность (50×), % — 99,99;
• количество пор на чипе — 2560*6;
• возможность использовать чип повторно — до 5 раз;
• скорость прочтения, нуклеотидов/с — 420;
• максимальный расчетный объем получаемых данных, Гб — 360 (60 с каждого чипа);
• реальный объем получаемых данных, Гб — 30 с каждого чипа;
• адаптивное секвенирование;
• время работы, ч — до 72;
• наборы для подготовки библиотек, секвенирования, баркодирования;
• габаритные размеры (Ш×Г×В), мм — 430×480×175;
• вес инструмента, кг — 20.

Комплектация нанопорого секвенатора PolySeq Hive

• Секвенатор;
• программное обеспечение на носителе;
• проточная ячейка;
• набор для построения библиотек;
• монтаж, пуско-наладка, инструктаж персонала на рабочем месте;
• гарантийное обслуживание 12 месяцев (возможна покупка дополнительной гарантии).

PolyseqOne — это портативная система нанопорового секвенирования средней производительности, позволяющая проводить анализ в режиме реального времени. Компания Polyseq Biotechnology разработала собственные нанопоровые белки, наборы для подготовки библиотек и секвенирования, конструкцию чипа, программную инженерию и алгоритмы глубокого обучения.

Нанопоровые белки закреплены на полимерной мембране, которая окружена электролитным раствором с обеих сторон. Ионы электролита проходят через нанопору, создавая постоянный электрический ток. Молекулы ДНК или РНК обладают электрическим зарядом, и под действием электрического поля одноцепочечные молекулы проходят через нанопору от отрицательно заряженной стороны (cis) к положительно заряженной (trans). Поскольку размер и заряд нуклеотидов различаются, ток через пору изменяется (возникают флуктуации). Эти колебания регистрируются и с помощью распознавания паттернов преобразуются в последовательность ДНК.

Основные применения нанопорового секвенатора Polyseq One

• Полногеномное секвенирование (WGS). Например, прочтение от теломеры к теломере (T2T), включая сложные регионы (повторы, центромеры).
• Структурные вариации. Детекция крупных делеций, инверсий, дупликаций.
• Прямое секвенирование РНК.
• Выявление редких транскриптов и клеточных субпопуляций.
• Сборка полных геномов бактерий из сложных образцов.
• Разделение метагеномных данных на отдельные геномы.
• Детекция эпигенетических изменений.
• Экологический мониторинг.
• Сборка сложных полиплоидных геномов.

Характеристики нанопорового секвенатора Polyseq One

• Точность одного прочтения, % — 97;
• длина прочтений, Kb — ≥300;
• консенсусная точность (50×), % — 99,99;
• количество пор на чипе — 2560;
• возможность использовать чип повторно — до 5 раз;
• скорость прочтения, нуклеотидов/с — 400;
• максимальный расчетный объем получаемых данных, Гб — 60;
• реальный объем получаемых данных, Гб — 30;
• адаптивное секвенирование;
• время работы, ч — до 96;
• наборы для подготовки библиотек, секвенирования, баркодирования;
• габаритные размеры (Ш×Г×В), мм — 180×130×80;
• вес инструмента, кг — 1,5.

Комплектация нанопорового секвенатора Polyseq One

• Cеквенатор;
• программное обеспечение на носителе;
• проточная ячейка;
• набор для построения библиотек;
• монтаж, пуско-наладка, инструктаж персонала на рабочем месте;
• гарантийное обслуживание 12 месяцев (возможна покупка дополнительной гарантии).

Polyseq X2 — высокопроизводительный нанопоровый секвенатор нового поколения от компании Polyseq Biotech, разработанная для решения масштабных геномных задач. Отличается от моделей Polyseq One/Hive технологически усовершенствованной чиповой матрицей, переработанной мембраной и системой стабилизации поровых белков. Адаптированные алгоритмы шумоподавления и улучшенная обработки сигнала обеспечивают высокое качество данных. Максимальная производительность платформы достигает 800 Гб на выходе.

Основные применения нанопорого секвенатора Polyseq X2

• Полногеномное секвенирование (WGS). Например, прочтение от теломеры к теломере (T2T), включая сложные регионы (повторы, центромеры);
• структурные вариации. Детекция крупных делеций, инверсий, дупликаций;
• прямое секвенирование РНК;
• выявление редких транскриптов и клеточных субпопуляций;
• сборка полных геномов бактерий из сложных образцов;
• разделение метагеномных данных на отдельные геномы;
• детекция эпигенетических изменений;
• экологический мониторинг;
• сборка сложных полиплоидных геномов.

Характеристики нанопорого секвенатора Polyseq X2

• Количество секвенирующих каналов — 2;
• точность одного прочтения, % — 99;
• консенсусная точность (50×), % — 99,99;
• количество пор на чипе — 15000*2;
• возможность использовать чип повторно — до 5 раз;
• скорость прочтения, нуклеотидов/с — 400;
• максимальный расчетный объем получаемых данных, Гб — 800 (400 с каждого чипа);
• время работы, ч — до 72;
• наборы для подготовки библиотек, секвенирования, баркодирования.

Комплектация нанопорого секвенатора Polyseq X2

• Cеквенатор;
• программное обеспечение на носителе;
• проточная ячейка;
• набор для построения библиотек;
• монтаж, пуско-наладка, инструктаж персонала на рабочем месте;
• гарантийное обслуживание 12 месяцев (возможна покупка дополнительной гарантии).

PromethION 24 — прибор для высокопроизводительного секвенирования, включающий 24 независимые ячейки с 3000 каналов каждая. Пользователь может задействовать любое количество этих ячеек, в каждой из которых будет проводиться отдельный эксперимент. Прибор состоит из секвенирующего модуля на 24 ячейки и станции для сбора, хранения и обработки данных.

Секвенирующий модуль PromethION 24

• Тип совместимых проточных ячеек – проточные ячейки PromethION R9.4;
• количество одновременно процессируемых проточных ячеек, шт. – от 1 до 24;
• производительность, Тbp – до 4,8;
• количество раздельных блоков для проточных ячеек – 3;
• количество ячеек в одном секвенирующем блоке, шт. – от 1 до 8;
• габариты, Ш х Г х В, см – 59 х 43 х 19;
• вес, кг – 25.

Станция для сбора, хранения и обработки данных PromethION 24

• Объем SSD-диска, Тб – 32;
• объем оперативной памяти, Гб – 384;
• предустановленное ПО – ОС Linux, ОС PromethION, MinKNOW, Guppy, EPI2ME;
• процессор – Intel CPU, 2 x NVIDIA GV100;
• габариты, Ш х Г х В, см – 17,8 х 47 х 44;
• вес, кг – 25.

Комплект поставки: секвенатор PromethION 24 со станцией для сбора, хранения и обработки данных.